ゲーム中に出現する「予め建っている遺産」で、前作では全て1タイルだったが、本作では自然遺産によって占有サイズが違う。自然遺産は全て「周囲のタイルにアピール+2」「改善及び除去できない」の効果を持ち、マップサイズによって出現する数が決まっている。またキリマンジャロなど明らかに山岳なものがいくつかあるが、山岳扱いではないらしく、区域の山岳隣接ボーナスを得られず、用水路が作れない。
最初に発見すると時代スコアが得られるが、特に自身が産出を持つ遺産はその産出が貧弱で、前作のように大量の生産力や信仰力を齎したりはしないため、全体的に弱い。中には強力なものもあるが、基本的には狙えれば狙う程度で構わない。ただし、文化勝利の場合はアピールから注目しておく価値がある。なお、自然遺産によるタイルへの追加の文化力は観光力には変換されないので注意しよう。ちなみに、沿岸特性を持たない遺産は固定マップでない限りは絶対に海と隣接しない。（ただし湖隣接は起こる）
マオリ場合はUBマラエによって通行可能な自然遺産の文化力と信仰力が追加され、航空技術を研究後にすべての自然遺産に観光力が1付与される。
NFP「ベトナム&フビライハンパック」で追加された保護区の隣接タイルへの産出ボーナスが自然遺産タイルにも有効であり、アピール条件も余裕で満たせるため聖地以外の新しい相棒ができた（もちろん、通行可能タイルでなければ意味がない）。
| 地形 | 産出 | サイズ | 追加効果 | 出現立地 | |
|---|---|---|---|---|---|
 | ドーバーの崖 |  +2 +3 +3 | 2タイル | 通行可 隣接タイルのアピールが通常の+2ではなく+4。 | 沿岸 |
 | クレーターレイク |  +1 +5 | 1タイル | 通行可 周囲のタイルに真水を供給 | |
 | 死海 | +2+2 | 2タイル | 通行可 隣接ユニットが回復すると全回復する | 砂漠 |
 | ガラパゴス諸島 | - | 2タイル | 隣接タイルの+2 | 近海*1 |
 | グレートバリアリーフ | +3+2 | 2タイル | 通行可 キャンパス区域に+2の隣接ボーナス | 沿岸 |
 | エベレスト山 | - | 3タイル | 隣接タイルの+1 隣接した宗教ユニットに高地訓練を与える | 山脈 |
 | キリマンジャロ山 | - | 1タイル | 隣接したタイルの+2 火山。滅多に噴火しないが、常に活動している。 | 山脈 |
 | パンタナル | +2+2 | 4タイル | 湿原扱い、通行可 | 草原 |
 | ピオピオタヒ | - | 3タイル | 隣接したタイルの+1、+1 | |
 | トーレス・デル・パイネ | - | 2タイル | 隣接タイルの地形（資源、特徴を除く）からの総産出2倍 | |
 | ツィンギ・デ・べマラ | - | 1タイル | 隣接タイルの+1、+1 | |
 | ヨセミテ | - | 2タイル | 隣接タイルの+1、+1、+1 | |
| 地形 | 産出 | サイズ | 追加効果 | 出現立地 | |
|---|---|---|---|---|---|
 | エイヤフィヤトラヨークトル | - | 2タイル | 隣接タイルの+1、+1 火山。滅多に噴火しないが、常に活動している。 | 極地 |
 | ジャイアンツ・コーズウェー | - | 2タイル | 隣接タイルの+1 隣接した陸上ユニットが昇進「フィオンの槍」(  戦闘力+5)を得る。 | 沿岸 |
 | リースフィヨルド | - | 3タイル | 隣接タイルの +1初めて隣接した海洋軍事ユニットは直ちにレベルアップする。 | 極地 |
| 地形 | 出力 | サイズ | 追加効果 | 出現立地 | |
|---|---|---|---|---|---|
 | ウルル | - | 1タイル | 隣接タイルの文化力+2、信仰力+2。隣接タイルのアピールが通常の+2ではなく+4。 | 砂漠 |
| 地形 | 出力 | サイズ | 追加効果 | 出現立地 | |
|---|---|---|---|---|---|
 | ハロン湾 | 食料+3生産力+1文化力+1 | 2タイル | タイル内での防衛戦で海洋軍事ユニットの戦闘力+15。 | 沿岸 |
| 地形 | 出力 | サイズ | 追加効果 | 出現立地 | |
|---|---|---|---|---|---|
 | デリケート・アーチ | - | 1タイル | 隣接タイルの+2、+1 | 砂漠 |
 | レトバ湖 | 文化力+2ゴールド+2生産力+1 | 2タイル | - | ? |
 | ロライマ山 | - | 4タイル | 隣接タイルの信仰力+1、科学力+1 | ? |
 | サハラの目 | 生産力+2科学力+1 原子力時代以降はさらに 生産力+1科学力+3 | 3タイル | - | ? |
 | マッターホルン | - | 1タイル | 隣接タイルの文化力+1、隣接した陸上戦闘ユニットは丘陵の移動コストを無視し、丘陵で+3の戦闘力ボーナスを得る | |
 | ウヴス・ヌール盆地 | 信仰力+2食料+1生産力+1 | 4タイル | ||
 | 張掖丹霞 | - | 3タイル | 都市がいずれか1つ以上のタイルを所有している場合、 大将軍ポイント+2、大商人ポイント+2 | |
| 地形 | 出力 | サイズ | 追加効果 | 出現立地 | |
|---|---|---|---|---|---|
 | イキル | - | 1タイル | 隣接タイルに遺産や区域を建設する場合生産力+50%、真水を得られる | 草原、平原 |
 | ヴェスヴィオ山 | - | 1タイル | 隣接タイルの生産力+1。 火山。噴火による人口減少と恩恵が大きい。常に活動状態にある。 | 草原か平原の山岳 |
 | ゴブスタン | 文化力+3生産力+1 | 3タイル | - | 平原 |
 | サハラ・エル・ベイダ | 科学力+1文化力+1ゴールド+4 | 4タイル | - | 砂漠 |
 | チョコレート・ヒル | 食料+1科学力+1生産力+1 | 4タイル | - | 草原、平原 |
 | パムッカレ | - | 2タイル | 快適性＋1 総合娯楽施設が隣接していると快適性＋1 劇場広場、キャンパス、商業ハブに+2の隣接ボーナス。 聖地に+1の隣接ボーナス。 真水を供給する。 | ツンドラ・雪原以外 |
 | マト・ティピラ | - | 1タイル | 隣接するタイルは信仰+1生産力+1 | 雪原以外 |
| 地形 | 産出 | サイズ | 追加効果 | 出現立地 | |
|---|---|---|---|---|---|
 | パイティティ | - | 3タイル | 隣接タイルの+3、+2 このタイルがある都市は、他文明に向かう  交易路からの+4。 | ツンドラ・雪原以外 |
 | バミューダトライアングル | - | 3タイル | 隣接するタイルの+5 このタイルに入った海洋ユニットは遠くの外洋タイルに飛ばされるが、昇進「神秘の海流」(  移動力+1) を得る。 | 外洋 |
 | 若返りの泉 | +4+4 | 1タイル | 陸上軍事ユニットがこのタイルに入ると、昇進「命の水」(どの領土でも回復時のHP+10) を得る。真水を供給する。 | ツンドラ・雪原以外 |
