ゲーム中に出現する、「予め建っている遺産」。前作では全て1タイルだったが、本作では自然遺産によって占有サイズが違う。
自然遺産は全て「周囲のタイルにアピール+2」の特性を持ち、一部は「通行不可」となっている。
キリマンジャロなど山岳の自然遺産がいくつかあるが、タイル属性としては山岳として扱われないことに注意（キャンパスや用水路）。
発見すると、「占星術」のひらめき（ゲーム初期で発見できれば宗教創始が容易になる）と、都市国家キャンディの宗主国であれば宗教遺物を得られる。
前作のような「発見時に幸福度+1」「発見時にゴールドを得られる可能性がある（スペインUA）」はなくなった。
どんな不毛の砂漠や極寒の極地にあってもアピールがあるため、自然公園を建造するのに最適。ただし海上の自然遺産は取り込めない点に注意が必要。
前作のクラタカウのような無茶な出現は減ったものの、やはり場所によっては活用しづらかったり都市国家が占有したりする。
| 地形 | 出力 | サイズ | 追加効果 | 出現立地 | |
|---|---|---|---|---|---|
 | ドーバーの崖 | ゴールド+2 文化力+3 | 2タイル | 通行可 | 沿岸 |
 | クレーターレイク |  +1 +5 | 1タイル | 通行可 周囲のタイルに真水を供給 | |
 | 死海 | 文化力+2 信仰力+2 | 2タイル | 通行可 隣接ユニットが回復すると全回復する | 砂漠 |
 | ガラパゴス諸島 | - | 2タイル | 隣接タイルの科学力+2 | 近海*1 |
 | グレートバリアリーフ | 食料+3 科学力+2 | 2タイル | 通行可 | 沿岸 |
 | エベレスト山 | - | 3タイル | 隣接タイルの信仰力+1 隣接した宗教ユニットに昇進「高地訓練」を与える | 山脈 |
 | キリマンジャロ山 | - | 1タイル | 隣接したタイルの食料+2 | 山脈 |
 | パンタナル | 食料+2 文化力+2 | 4タイル | 湿原扱い、通行可 | 草原 |
 | ピオピオタヒ | - | 3タイル | 隣接したタイルのゴールド+1、文化力+1 | |
 | トーレス・デル・パイネ | - | 2タイル | 隣接タイルの地形・地物からの総出力2倍 | |
 | ツィンギ・デ・べマラ | - | 1タイル | 隣接タイルの科学力+1、文化力+1 | |
 | ヨセミテ | - | 2タイル | 隣接タイルのゴールド+1、科学力+2 | |
| 地形 | 出力 | サイズ | 追加効果 | 出現立地 | |
|---|---|---|---|---|---|
 | エイフィヤトラヨークトル | - | 3タイル | 隣接するタイルの文化力+1、食料+2 | 極地 |
 | ジャイアンツ・コーズウェー | - | 2タイル | 隣接した陸上ユニットが昇進「フィオンの槍」(戦闘力+5)を得る。 なおユニットをアップグレードした場合、効果は失われる。再度隣接することで再取得する事は可能。 | 沿岸 |
 | リースフィヨルド | - | 3タイル | 初めて隣接した海軍ユニットは直ちにレベルアップする。 | 極地 |
| 地形 | 出力 | サイズ | 追加効果 | 出現立地 | |
|---|---|---|---|---|---|
 | ウルル | - | 1タイル | 隣接タイルの文化力+2、信仰力+2。 隣接タイルのアピールが通常の+2ではなく+4。 | 砂漠 |
| 地形 | 出力 | サイズ | 追加効果 | 出現立地 | |
|---|---|---|---|---|---|
 | ハロン湾 | 食料+3 生産力+1 文化力+1 | 2タイル | タイル内での防衛戦で海軍ユニットの戦闘力+15。 | 沿岸 |
