今作のスパイは特殊な非戦闘ユニットであり、解禁されるとユニット欄から生産することができます。
保有できる数には上限があり、社会制度の「外交官」、「ナショナリズム」、「イデオロギー」、「冷戦」とテクノロジーの「コンピューター」を取得すると、スパイの上限がそれぞれ1増加します。
カトリーヌ・ド・メディシスのみ、テクノロジーの「城」でもスパイの上限が1増加します。
スパイの動かす方法は隊商と同じです。目的地を指定すると、スパイは移動を開始し、数ターン後（かかる時間は距離による）に到達します。
移動リストには、目的地の都市が所有する区域も表示されます。存在する区域によって実行できる任務が変わります。
自国都市以外に移動したスパイは、続いて内偵調査を行い、内偵が完了してから任務を選びます。自文明の都市なら直ちに任務を開始することができます。
| 任務 | 目標とする区域 | 危険性 | 説明 |
|---|---|---|---|
| 情報源の収集 | 他文明の都心 | なし | 情報源を収集する。 一定ターンの間、スパイがこの都市で任務を遂行する時に成功率が上がる （成功率を計算する時にスパイのレベルが+2される） |
| 盗聴 | 他文明の都心 | なし | 他文明の通信を盗聴する。 一定ターンの間、この文明に対する外交的視野レベルが1あがる。 |
| 防諜活動 | 自文明の区域 | なし | このタイルと隣接する他のタイルを、敵スパイの活動から保護する。 一定ターンの間、敵スパイの任務成功率を下げ、阻止しやすくなる。 |
| 技術の窃盗 | 他文明のキャンパス | あり | 他文明が開発済のテクノロジーのブーストを1つ盗む。 |
| 資金の流出 | 他文明の商業ハブ | あり | 他文明の国庫からゴールドを盗む。 |
| 傑作の窃盗 | 他文明の劇場広場 | あり | 目標とする劇場広場から傑作を盗む。自文明に収蔵可能な施設が必要。 |
| 工業地帯の破壊 | 他文明の工業地帯 | あり | 目標とする工業地帯と工業系建造物を略奪状態にする。 |
| パルチザンの募集 | 他文明の近郊部 | あり | 目標とする近郊部を略奪状態にし、更に反乱軍ユニットを作り出す。 |
| 宇宙船基地の破壊 | 他文明の宇宙船基地 | あり | 目標とする宇宙船基地を略奪状態にする。 |
任務は必ず成功し、何の問題も起きない。
防諜活動だけ、成功した場合、スパイのレベルは4未満だとレベルアップする。
スパイが任務を遂行する前に、成功率・失敗率・捕縛/殺害率がそれぞれ表示されます。
一定ターンの後、任務の結果があらわれます。成功した場合、スパイのレベルは4未満だとレベルアップする。
スパイは任務中に発見されてしまう場合があります。その場合、スパイの逃走ルートを選ぶ事になります。一部の選択肢は、都市に特定の施設がないと選択できません。
逃走のスピード（＝戻るまでに掛かる時間）はルートによって決まります。スピードだけ考えるなら飛行機が最速ですが、阻止される可能性は一番高いです。徒歩は最も遅いが一番安全です。
逃走に失敗するとスパイは捕まってしまいます。運が悪いとスパイはその場で殺されます。
捕まった場合は、外交取引を通じてスパイを取り返すことができます。
