災害は拡張パック「Gathering Storm」で導入された要素であり、文明や都市国家に大きな被害をもたらす。ただし災害の種類によっては被災タイルに食料や生産力などのプラス補正を加えることがあるので、災害が起きやすいタイルは長期的に見ると大きな出力を得るという側面も持つ。
ひとたび災害が起きると、被災タイルに居た戦闘ユニットは大きくダメージを受け、区域や建造物はランダムで略奪状態となり、都心には人口減少と守備隊・防御施設へのダメージを、改善（施設）には略奪ないし消失をもたらす。遺産は災害の影響を受けないが、海面上昇で水没すると失われる。
災害が発生する場所は、その種類によって地理的な傾向がある。また産業革命を迎えて石炭や石油を必要とする建造物やユニットを作るようになると、継続的に排出されるCO2の蓄積によって気候変動フェーズが進行して風水害がより苛烈になるうえ海水面も上昇する。気候変動による被害を抑えるには、石炭や石油に頼らない発電の積極的な導入、未来時代の技術によるプロジェクトが必要となる。
NFPではさらに幾つかの災害が登場。流星群はおおきな効果をもたらすが、終盤でこの世の終末が告げられ落ちてくる彗星は都市の破壊による文明への大打撃をもたらすだろう。黙示録モードでは極力発電所は作らないほうが良いかもしれない。ズールーやインドネシアのAIは大量に温室効果ガスを排出するので注意。
火山から半径1ないし2タイルの範囲に被害をもたらす。火山には名前が付けられているので普通の山岳と見分けがつくうえ、噴火前に前兆現象が見られることが多い。被害を受けたタイルは丘陵・平原を問わず火山性土壌に変化し、森林およびボーナス資源は失われるが戦略資源と高級資源は残る。火山性土壌は、農場もしくは鉱山へ改善できる。
噴火の被害を防ぐ手段は存在しない。火山の隣に氾濫原がある場合、そのタイルは火山による被害を受けない。隣に普通の山岳があったとしてもその隣の平地では被害が及ぶことがある。スキー場は略奪されない。
洪水は河川の周囲のタイルに火山と同じような被害を与える。被害を受けた平地タイルはその後、氾濫原となり食料と生産が増加する。
河川に区域のダムまたは世界遺産の大浴場が建設されると被害を防ぐことができる。
干ばつは特定の範囲で5ターンないし10ターン継続する災害で、食料を産出する施設が略奪ないし破壊され、影響下にあるタイルは食料が-1される。
陸上でのみ発生し、特に恩恵は与えられない。
区域の用水路・ダム、世界遺産の大浴場を建設すると被害を防ぐことができる。
竜巻は3つのタイプがあり、平原、草原で発生する竜巻は3タイルないし7タイルに、砂漠で発生する砂嵐は7タイルないし10タイル、ツンドラ、雪原で発生するブリザードは10タイルないし17タイルに影響を及ぼす。このうち砂嵐とブリザードが発生したタイルに生産と食料のボーナスを与える。
ハリケーンははじめ海上で発生し、上陸することがある災害である。効果範囲は7タイルか19タイルの円形で被害を受けたタイルは食料と生産力のボーナスを受ける。
建造してから時間が経過した原子力発電所で発動。原子力事故が起こると核兵器と同じような放射能災害を周囲にまき散らし、改善や建造物、人口にも被害を与える。
専用のプロジェクトで発生確率を下げることが可能。
海沿いのタイルの一部は海抜1〜3メートルの低地に設定されている。気候変動フェーズが進むと海水位が0.5メートル刻みで上昇し、海水位以下になったタイルは水没する。水没した施設・改善・遺産は失われ、人口は減少する。
黙示録がメイン。黙示録についてはこちらも参照 。
森林か熱帯雨林のタイルで1マスから3マスで起こる。数ターンで火災は落ち着くが、森の再生には時間がかかる。火災が起きるとそこに建てられていた改善は消滅するが、森が再生すると再び建てられるようになる。
黙示録モードのみの災害。2時代で1回ほど起こる。キャンパスや工業地帯などが略奪される。範囲はマップ全体で、ユニットが消滅することもある。「世界の終わり」の時は10ターンほどの頻度で起こる。
頻繁に起こる。落ちた場所の人工物、ユニットは消滅するが、資源は残る。彗星と違い、落下地点が陥没することはない。落下地点にはクレーターができ、探索すると重軽騎兵を無償で獲得する。基本的には最新の騎兵を獲得するが、車輪の研究が終わっていないときはヒッタイト・チャリオットを手に入れる。
黙示録モードのみの災害。気候変動が第7段階になると毎ターンのように降ってくる。落下地点1マスか4マスが「隕石の落下地点」となり、以後再生することはない。
