今作のスパイは特殊な非戦闘ユニットであり、解禁されるとユニット欄から生産することができます。
保有できる数には上限があり、政府複合施設の建造物「諜報機関」、社会制度の「外交官」、「ナショナリズム」、「イデオロギー」、「冷戦」と技術の「コンピューター」を取得すると、スパイの上限がそれぞれ1増加します。
カトリーヌ・ド・メディシス(黒妃)のみ、技術「城」でもスパイの上限が1増加します。
武則天も社会制度「防衛戦術」でもスパイの上限が1増加します。
NFP「秘密結社」モードのミネルヴァの梟の称号でもスパイの上限が2増加します。
スパイの動かす方法は隊商と同じです。目的地を指定すると、スパイは移動を開始し、数ターン後（かかる時間は距離による）に到達します。
移動リストには、目的地の可視化されている都市が所有する区域も表示されます。存在する区域によって実行できる任務が変わります。
自国都市以外に移動したスパイは、続いて内偵調査を行い、内偵が完了してから任務を選びます。自文明の都市なら直ちに任務を開始することができます。
スパイは別の文明である程度任務を遂行するとその都市から逃げなければなりません。徒歩、陸路、海路、空路が提示されます。徒歩は最も見つかりにくいですが、時間がかかります。
| 任務 | 目標とする区域 | 危険性 | 説明 |
|---|---|---|---|
| 情報源の獲得 | 他文明の都心 | なし | 情報源を収集する。 一定ターンの間、スパイがこの都市で任務を遂行する時に成功率が上がる。 （成功率を計算する時にスパイのレベルが+2される） |
| 情報の収集 | 他文明の都心 | なし | 他文明の通信を盗聴する。 情報収集の実施期間中、この文明に対する外交的視野レベルが1、秘密諜報員(昇進2つ)以上であれば2あがる。 参加人数で変化は無いほか首都で情報収集を行っているスパイのレベルが最優先で使用されるため注意。 |
| 防諜活動 | 自文明の区域 | なし | この区域と隣接する他の区域を、敵スパイの活動から保護する。 一定ターンの間、敵スパイの任務成功率を下げ、阻止しやすくなる。 |
| 技術の窃盗 | 他文明のキャンパス | あり | 他文明が研究済みの技術のひらめきを1つ得る。 |
| 資金の流出 | 他文明の商業ハブ | あり | 他文明の国庫からゴールドを盗む。 (対象となる商業ハブの出力のゴールド収入をスパイ活動ターン分相手の収支から減らす。) |
| 傑作の窃盗 | 他文明の劇場広場 | あり | 目標とする劇場広場から傑作を盗む。自文明に収蔵可能な施設が必要。 |
| 工業地帯の破壊 | 他文明の工業地帯 | あり | 目標とする工業地帯と工業地帯建造物を略奪状態にする。 |
| パルチザンの募集 | 他文明の近郊部 | あり | 目標とする近郊部と近郊部建造物を略奪状態し、更に反乱軍ユニットを作り出す。 |
| ダムの破壊 | 他文明のダム | あり | 目標とするダムと水力発電ダムを略奪状態にする。 |
| 宇宙船基地の破壊 | 他文明の宇宙船基地 | あり | 目標とする宇宙船基地を略奪状態にする。 |
| 社会不安の扇動 | 他文明の都心 | あり | 潜伏都市の忠誠心を20~35減らす。 |
| 総督の無力化 | 他文明の都心 | あり | 一時的に総督を無効化する。着任予定段階で指令可能で、無効化に成功するとしばらくその総督は使用不 |
| スキャンダルの捏造 | 都市国家 | あり | 宗主国の文明が代表団を失う |
| ゾンビ大発生 | 他文明の都心 | あり | 「ゾンビ撃退」モード専用 対象都市にある改善済みのタイルごとにゾンビが一定確率で発生する |
任務は必ず成功し、何の問題も起きない。
防諜活動で敵スパイ成功率を低下させている地域で敵のスパイが活動を失敗した時、その防諜活動中のスパイのレベルが4未満であればレベルアップする。
それ以外にリスクなし行動でレベルアップする事はない。
スパイが任務を遂行する前に、成功率・失敗率・捕縛/殺害率がそれぞれ表示されます。
一定ターンの後、任務の結果があらわれます。成功した場合、スパイのレベルは4未満だとレベルアップする。
スパイは任務中に発見されてしまう場合があります。その場合、スパイの逃走ルートを選ぶ事になります。一部の選択肢は、都市に特定の施設がないと選択できません。
逃走のスピード（＝戻るまでに掛かる時間）はルートによって決まります。スピードだけ考えるなら飛行機が最速ですが、阻止される可能性は一番高いです。徒歩は最も遅いが一番安全です。
逃走に失敗するとスパイは捕まってしまいます。運が悪いとスパイはその場で殺されます。
捕まった場合は、外交取引を通じてスパイを取り返すことができます。
