秘密結社はNFPで新たに追加された。秘密結社は幾つかの種類があり、それぞれがプレイヤーに固有の恩恵をもたらすが、一度秘密結社に入ると抜けることはできない。秘密結社に入ると固有の総督を獲得する。この総督は世界規模の繋がりを持ち、特定の都市に配属しなくても帝国全体に恩恵をもたらす。秘密結社はミネルヴァの梟(フクロウ)、ヘルメス教団、虚無の歌い手、緋(ヒ)の同盟の4種類ある。
| 名称 | 加入条件 | 建造物 | 効果 | ユニット | その他 |
|---|---|---|---|---|---|
| ミネルヴァの梟 | 都市国家に代表団を派遣する | 黄金の宝物庫 | 通常の効果に加えて 文化力の隣接ボーナス港による  交易路+1 | ||
| ヘルメス教団 | 自然遺産を発見する | 錬金術協会 | 通常の効果に加えて 生産力、 ゴールドの隣接ボーナス 大技術者ポイントと大商人ポイント | 特殊資源レイライン 区域に隣接ボーナス 偉人：効果増大 | |
| 虚無の歌い手 | 原住民の集落を発見する | 旧神のオベリスク | 通常の効果に加えて 信仰力と傑作スロット | 支援ユニット「カルト教団員」 | カルト教団員による敵都市忠誠心低下 遺物の生産 |
| 緋の同盟 | 蛮族の野営地を破壊する | 吸血鬼の城 | 産出強化 吸血鬼の移動、防衛効果 | 戦闘ユニット「吸血鬼」 |
ミネルヴァの梟 ミネルヴァの梟は、影で陰謀を巡らし、陰謀で目的達成を企む。
主に政治、交易、諜報活動に関心がある。
ミネルヴァの梟に入ると黄金の宝物庫を建設できるようになる。銀行の互換で、通常の効果に加えて隣接ボーナスに文化力が加わる。港があれば交易路も追加される。
オスマン(スレイマン1世)でプレイしてミネルヴァの梟に入信した場合、固有建造物のグランドバザールと排他にならず二重に建物を建てることができてしまう致命的なバグがある。（グラフィックも重なる）
ヘルメス教団 ヘルメス教団はオカルト科学と錬金術を重視し、他の秘密結社を空想としている。
主に科学、偉人、資源に関心がある。
ヘルメス教団に入ると固有の資源であるレイラインが見えるようになる。レイラインはすべての区域に通常の隣接ボーナスを与える。偉人を獲得するとさらに大きな効果をもたらす。また、ヘルメス教団は大学の互換として錬金術協会を建設できる。これは通常の効果に加えて大技術者ポイントと大商人ポイントも産む。生産力とゴールドの産出も上昇する。
アラビア(サラディン)でプレイしてヘルメス教団に入信した場合、固有建造物のマドラサと排他にならず二重に建物を建てることができてしまう致命的なバグがある。（グラフィックも重なる）
虚無の歌い手 虚無の歌い手は古い闇の神々を崇拝し、世界に混沌の種を撒く。
主に信仰、遺物、忠誠心に関心がある。
虚無の歌い手に入るとモニュメントに代わる旧神のオベリスクを建てられるようになり、これは通常の効果に加えて信仰力と傑作スロットを持つ。虚無の歌い手では固有の支援ユニットであるカルト教団員を信仰力で購入できる。これは別文明から信者を集め、忠誠心の低下をもたらす。行動回数を使用する。
緋の同盟 緋の同盟は軍事同盟で、吸血鬼を使用できる。吸血鬼は隣接ユニットが倒されると
戦闘力が上がり、倒されてもHP1で退却する。また、略奪によりHPを回復できる。自分の所有するタイルか中立タイルに吸血鬼の城を建てられる。防衛力が大きく、また多大な産出量を誇る。吸血鬼ユニットはこれらを移動できる。
