ゲーム中に出現する、「予め建っている遺産」。前作では全て1タイルだったが、本作では自然遺産によって占有サイズが違う。
自然遺産は全て「周囲のタイルにアピール+2」「通行不可（一部通行可）」の特性がある。
キリマンジャロなど明らかに山岳なものがいくつかあるが、山岳扱いではないらしく、区域の山岳隣接ボーナスを得られず、用水路が作れない。
発見すると「占星術」のひらめきを得られ（るため、ゲーム初期で発見できれば宗教創始が容易になる）、都市国家キャンディの宗主国である場合宗教遺物を得られる。
前作のような「発見時に幸福度+1」「（スペインが）発見時に
ゴールドを得られる可能性がある」はなくなった。
どんな不毛の砂漠や極寒の極地にあってもアピールがあるため自然公園を建造するのに最適…だが海上の自然遺産はどうやっても囲めない点に注意が必要。
前作のクラタカウのような無茶な出現は減ったものの、やはり場所によっては活用しづらかったり都市国家が占有したりする。
RaFより、世界で最初に発見すると時代スコア+3が得られるようになった。
| 地形 | 出力 | サイズ | 追加効果 | 出現立地 | |
|---|---|---|---|---|---|
 | ドーバーの崖 |  文化力+3ゴールド+2 | 2タイル | 通行可 | 沿岸 |
 | クレーターレイク |  科学力+1 信仰力+4 | 1タイル | 周囲のタイルに真水を供給 | |
 | 死海 | 文化力+2信仰力+2 | 2タイル | 周囲タイルに真水を供給、通行可 隣接ユニットが回復すると全回復する | 砂漠 |
 | ガラパゴス諸島 | - | 3タイル | 隣接タイルの科学力+2 | 近海*1 |
 | グレートバリアリーフ |  食料+3科学力+2 | 2タイル | 通行可 | 沿岸 |
 | エベレスト山 | - | 3タイル | 隣接タイルの信仰力+1 隣接した宗教ユニットに高地訓練を与える | 山脈 |
 | キリマンジャロ山 | - | 1タイル | 隣接したタイルの食料+2 | 山脈 |
 | パンタナル | 食料+2文化力+2 | 4タイル | 湿原扱い、通行可 | 草原 |
 | ピオピオタヒ | - | 3タイル | 隣接したタイルの文化力+1、ゴールド+1 | |
 | トーレス・デル・パイネ | - | 2タイル | 隣接タイルの地形・地物からの総出力2倍 | |
 | ツィンギ・デ・べマラ | - | 1タイル | 隣接タイルの科学力+1、文化力+1 | |
 | ヨセミテ | - | 2タイル | 隣接タイルの科学力+1、ゴールド+1 | |
| 地形 | 出力 | サイズ | 追加効果 | 出現立地 | |
|---|---|---|---|---|---|
 | エイフィヤトラヨークトル | - | 2タイル | 隣接する土地の文化力+1、食料+2 | 極地 |
 | ジャイアンツ・コーズウェー | - | 2タイル | 隣接した陸上ユニットが昇進「フィオンの槍」( 戦闘力+5)を得る。なおユニットをアップグレードした場合、効果は失われる。再度隣接することで再取得する事は可能。 | 沿岸 |
 | リースフィヨルド | - | 3タイル | 初めて隣接した海洋軍事ユニットは直ちにレベルアップする。 | 極地 |
| 地形 | 出力 | サイズ | 追加効果 | 出現立地 | |
|---|---|---|---|---|---|
 | ウルル | - | 1タイル | 隣接タイルの文化力+2、信仰力+2。隣接タイルのアピールが通常の+2ではなく+4。 | 砂漠 |
| 地形 | 出力 | サイズ | 追加効果 | 出現立地 | |
|---|---|---|---|---|---|
 | ハロン湾 | 食料+3 生産力+1文化力+1 | 2タイル | タイル内での防衛戦で海洋軍事ユニットの戦闘力+15。 | 沿岸 |
| 地形 | 出力 | サイズ | 追加効果 | 出現立地 | |
|---|---|---|---|---|---|
 | デリケート・アーチ | - | 1タイル | 隣接タイルの信仰力+2、ゴールド+1*2 | 砂漠 |
 | レトバ湖 | 文化力+2ゴールド+2生産力+1 | 2タイル | 真水をもたらす。 | ? |
 | ロライマ山 | - | 4タイル | 隣接タイルの信仰力+1、科学力+1 | ? |
 | サハラの目 | 生産力+1 原子力時代以降はさらに 生産力+1科学力+3 | 3タイル | ||
 | マッターホルン | - | 1タイル | 隣接タイルの文化力+1、隣接した陸上戦闘ユニットは丘陵の移動コストを無視し、丘陵で+3の戦闘力ボーナスを得る | |
 | ウヴス・ヌール盆地 | 信仰力+2食料+1生産力+1 | 4タイル | ||
 | 張掖丹霞 | - | 3タイル | いずれか1つ以上のタイルを所有している場合、 大将軍ポイント+2、大商人ポイント+2 | |
